正常的吞咽能夠實現食團或液體從口腔經咽和食管到達胃內的整個過程，是一種復雜的反射性動作，涉及腦干、5對腦神經(其中IX、X、 XII腦神經尤為重要)和34塊骨骼肌。包括口咽部隨意肌群的收縮、食管括約肌的松弛以及食管肌節律性蠕動等一系列有順序而協調的動作，可分為四個不同的時期、兩個隨意運動和兩種反射：

1. 口腔準備期 食物與唾液混合并被咀嚼 ，以減少顆粒狀態。

2. 口腔吞咽期 口唇關閉以防食物漏出， 舌尖收縮并上抬形成一個波，食團或液體經通道被推進咽喉部 ，觸發非自主的吞咽反射。單純吞咽液體約1秒，固體食物約需5～10秒可聚積于口咽部。

3. 咽部期 最重要的時期。 由食糜團到達舌根部所啟動。將喉部關閉，呼吸停止，并且在不足1秒的時間內椎動食團進入食管。 是一系列快速重疊的非自主的動作，完全靠吞咽反射觸發，涉及舌咽神經和迷走神經的運動和感覺支。

4.食管期 一種反射性食管蠕動，推動食物下降直至入胃。 食管下括約肌并不像上括約肌一樣需要周圍組織的牽拉而開放，而是當食團進入胃后便立即關閉以防止胃食管反流。 整個時期約需8～20秒。

整個神經系統對于吞咽動作的調節尚不十分清楚，目前認為自主吞咽可能受到大腦皮質的驅動，而非自主的反射主要受延髓控制。

依據功能受損的吞咽時期進行吞咽困難分類(具體見臨床表現)。 也可以將吞咽因難分為機械性與運動性兩類：

1. 機械性吞咽困難 指吞咽食物的腔道發生狹窄引起的吞咽困難， 以食管腔狹窄為主。 正常食管壁具有彈性，管腔直徑可擴張4cm 以上，各種炎性與梗阻性疾病使管腔擴張受限時就能出現吞咽困難， 這類吞咽困難在臨床上常見，例如食管受到化學性灼傷后，因瘢痕形成等原因使食管腔高度狹窄而致吞口同閑難;食管癌時可因癌腫浸潤，堵塞食管腔而致食管狹窄，表現為進行性吞咽困難。

2. 運動性吞咽困難 指對吞咽動作的隨意控制(始動因素)發生困難和(或) 隨后一系列反射運行障礙而發生的吞咽閑難，包括支配吞啊動作的神經中樞受損和參與吞咽肉的肌肉的器質性損害或功能失調。正常的吞咽過程中每個時期出現異常均可導致吞咽閑難，口腔準備期和吞咽期，如口腔前部閉合不良、口腔后部閉合不良、頰肌癱瘓、舌肌運動障礙、顳下頜關節咬合障礙。 咽部期，如軟腭異常、咽喉部上提異常、咽縮肌無力。食管期，包括食管運動障礙、食管炎、食管結構異常。而導致吞咽困難的神經系統病變包括：大腦額葉損傷， 顳葉、頂葉和枕葉受損，錐體及錐體外系受損， 前庭-小腦病變，腦干和多腦神經功能障礙。