1. 按患病部位分類，常見病因有：

(1) 口咽部疾病：口咽炎(病毒性、細菌性)、口咽損傷(機械性、化學性)、咽白喉、咽結核、咽腫瘤、咽后壁膿腫等。

(2) 食管疾病：食管炎(細菌性、真菌性、化學性)、食管良性腫瘤(平滑肌瘤、脂肪瘤、血管瘤等)、食管癌、食管異物、食管肌功能失調(賁門失弛緩癥、彌漫性食管痙攣等)、甲狀腺極度腫大等。

(3)神經肌肉疾病：延髓麻痹、重癥肌無力、有機磷殺蟲藥中毒、多發性肌炎、皮肌炎、環咽失弛緩癥等。

(4)全身性疾病：狂犬病、破傷風、肉毒中毒、缺鐵性吞咽因難(Plummer-Vinson 綜合征)等。

2. 腫瘤相關病因 幾乎所有患有頭頸部腫瘤的患者都存在吞咽因難，吞咽閑難也是其他部位腫瘤，如肺癌和淋巴瘤轉移到縱隔、頸部或顱底的一個特征。嚴重的疼痛性吞咽閑難有時是由放化療或酸性反流產生食管炎引起的食管痙攣所致。 極度虛弱和(或)惡液質相關的非梗塞性吞咽困難也是常見的。