消化不良不是一個明確的單一疾病過程，而是由多種生理、病理因素和多種機制所致的綜合征。消化不良的多因素作用并不是雜亂無章毫無規律可循的，從目前的研究結果來看，飲食、胃酸、精神因素等是消化不良癥狀發生的誘因，它們通過直接或間接的作用，引起胃排空延遲、胃內傳遞障礙、小腸動力障礙和內臟高敏感性，最終導致消化不良癥狀。 需要強調的是，胃腸激素在這一病生理過程中起到了中心的調節作用。 人體內的胃腸激素通過復雜而高效的作用系統，能夠對消化不良產生的各個環節都進行調控。

1. 胃運動功能異常 胃蠕動是促進胃排空的動力，胃排空是胃的重要生理功能之一。胃排空延遲是胃運動功能異常的綜合表現，許多研究表明，消化不良患者或多或少存在運動功能異常。 消化期食物從吞咽開始，胃底就出現舒張(容受性舒張)，當食物進入胃內后，胃底進一步舒張(適應性舒張)，食物暫時貯存在胃底，使餐后的食物不至于立即涌人胃竇。 隨后胃底出現張力性收縮，促使食物移向遠端胃。 胃竇、幽門與十二指腸的協調運動在胃排空過程中起重要作用，一方面，當胃竇收縮時，十二指腸收縮也增強，使胃排空減慢，有利于食物在胃內研磨;另 一方面，在胃竇收縮后順序出現十二指腸收縮，可將十二指腸內容物推向遠端進入空腸，有利于胃排空的正常進行。 消化不良患者主要表現為胃排空障礙和餐后胃竇動力下降。 當空腹時，胃的容積比較小，大約150ml。 進餐后，惡液質的患者近端胃的舒張功能可能有障礙，使得其空間有限，食物進入后會使胃內壓力升高，導致胃排空加快，食物很快進入十二指腸，然后又反過來阻止胃內食物的排出，最終導致胃排空慢，患者感到不適或疼痛。在惡液質患者中胃排空延遲更明顯更頻繁。 使用順鉛、阿片類等藥物也可使胃排空延長，出現消化不良。 但是，有爭議的是胃排空障礙是否有特定的癥狀，以及胃排空功能的變化是否可以預測癥狀改善程度。 Talley等報道在551例患者研究中，胃排空障礙發生率為24%，但沒有相關特定癥狀，而Sarnelli等報道在392例患者研究中，胃排空障礙發生率為23%，表現的特定癥狀有餐后飽脹、惡心、嘔吐。

2. 內臟感覺功能異常 胃腸道管壁中存在化學性、機械性和有害性感覺三種神經受體，當受到各種剌激時，這些神經受體會發生相應的反應。 內臟感覺過敏是指內臟對各種剌激 (物理、化學刺激等)感知的閾值降低，對正常的非傷害性刺激表現出疼痛或不適，或對傷害性刺激表現出更強的疼痛 或不適反應。 目前認為內臟感覺閾值降低發生的機制是肥大細胞介導的神經-內分泌途徑來完成。 肥大細胞的活化釋放炎癥介質或神經遞質，改變胃腸空腔臟器對刺激的敏感性，導致內臟感覺闊值減低或自主神經功能紊亂，對物理 (進食)和化學剌激(如高脂肪)產生高敏感反應，導致一系列消化不良癥狀。迸餐以后， 由于內臟高敏狀態 ， 消化不良患者會出現早飽感。

3. 胃酸分泌異常 胃酸能激情胃蛋白原，供給胃蛋向酶適宜的酸性環境，使食物中的蛋白變性，分解為多肽和少量氨基酸，易于消化吸收，且高酸度可殺死胃內的細菌。也可促進小腸分泌膜、膽、小腸液的分泌，使膽囊收縮。 患者出現的胃酸相關癥狀，如空腹時上腹部不適或疼痛，在進食后減輕以及抑酸治療有效，提示消化不良患者的胃酸分泌，增加或對酸敏感性的增高。

4. 胃腸激素分泌異常 胃腸激素是產生于胃腸道內分泌細胞與神經細胞的一種小分子肽類活性物質。 在眾多的胃腸激素中， 胃促生長素(ghrelin)、膽囊收縮素(cholecystokinin, CCK)和酪酪肽(pepticle tyrosine, PYY)被證明與消化不良癥狀關系最為密切。胃促生長素又稱 “饑餓素” ，是增加食欲、促進胃動力的主要激素。 CCK 能通過迷走神經產生內源性 “飽感” 信號抑制食欲;直接作用于近胃端和幽門部抑制胃排空;同時還會導致恐慌情緒、焦慮、疼痛。 PPY主要由末端回腸釋放，它既可以抑制食欲、抑制胃排空，還能通過抑制胃促生長素間接地引起消化不良。 研究表明，消化不良患者的血清胃促生長素濃度顯著降低 ， 藥物治療后，水平又明顯回升;患者對CCK 的敏感性增加， 抑制CCK 能夠有效緩解消化不良癥狀;PPY在消化不良患者(尤其是伴胰酶缺乏者)中血清濃度顯著升高治療后明顯下降。這些機制的闡明，為消化不良多樣化、個性化的治療策略打開了新的視野。

5. 精神心理因素 胃腸道是機體唯一向中樞神經、腸神經和自主神經共同支配的系統 ， 既有感覺又有運動，是身心相關最敏感的器官。 精神心理的異常變化 ，如焦慮和抑郁對中樞神經系統的不良刺激，通過大腦邊緣系統和下丘腦使自主神經功能發生改變 ，并通過內分泌、免疫、酶系統和神經遞質的中介作用引起胃腸功能失調 ，或導致內臟感覺過敏最終出現消化不良表現。

6. 幽門螺桿菌(Helicobacter pylori, Hp)感染 目前認為Hp感染引起的胃敬膜炎癥可導致胃感覺和運動異常。 Hp感染僅在部分人中產生消化不良癥狀，根除Hp后僅有部分患者消化不良癥狀得到改善。 Hp感染在消化不良中的作用有待進一步明確。