關于有效新生抗原的選擇

癌癥患者的T細胞通過包括突變氨基酸的HLA提示的新生抗原，有退去惡性腫瘤的效果。新生抗原將作為治療標的物，或者說是標志物被運用到癌癥治療中，多數癌細胞基因突變是患者個體獨有的變異，必須用個性化的方法提供治療。眾所周知，最新的檢查方法可以更廣泛的檢索體細胞基因突變，但是現在的測序手段卻很正確的選擇被HLA提示的氨基酸突變。目前迫切需要解析的是如何選擇新生抗原的肽鏈，HLA可以提示什么部位的突變才能誘導T細胞發揮強力的抗癌效果。

日本就醫網協助日本免疫治療機構，試用最前沿的新生抗原為中國腫瘤患者提供治療，目前都采用為每位患者解析腫瘤標本后，由醫生逐一挑取可能有效的新生抗原，這項體力+智力勞動，簡直讓醫生挑花了眼。

最近我們發現，日本札幌醫科大學病理學研究者金關貴幸等正在積極研究有效新生抗原的挑選方法，他們直接提取HLA的結合肽抗原，全面解讀并確定了變形菌基因的解析方法。結合細胞特有的基因突變信息，可自然檢驗出HLA提示的新生抗原。先分析結直腸癌HLA-1提示的整體肽鏈目錄，新生抗原所占的比例非常有限。推測被HLA提示的突變氨基酸相當于每個HLA烯丙基錯義突變全體的0.1%，顯示了新生抗原的稀缺性。

在基因突變較多的MSI型結直腸癌細胞中可以檢測出多個新表位。其中一個為9-mer，在P8上有突變氨基酸(Asn>Lys)。用同樣的肽鏈誘導CTL識別其中的1個氨基酸突變，CTL可以對該基因突變的結直腸癌細胞進行強力傷害。3D成像該肽鏈-HLA的復合體模型，觀察到TCR的立體構造發生變化，我們認為它特異性地T細胞識別和抗原獲取造成了突變的構造變化。

他們想通過變形菌基因組學的HLA配體解析，來獲取HLA可提示的新生抗原。