日本目前有多中心正在進行糞菌移植治療潰瘍性腸炎的研究和臨床試驗。其中，國立成育醫療研究中心從2013年12月就開始實施糞菌移植，首次將兒童患者作為研究對象。他們認為糞菌移植療法很可能是潰瘍性腸炎的根治方法。

日本國立成育醫療研究中心的臨床試驗中，診斷為潰瘍性腸炎(全結腸炎型)的重癥兒童患者，使用類固醇類藥物治療，當類固醇含量降低時，就會復發。之后追加腸炎治療藥物，仍然顯示該病對類固醇的依賴性。

該中心的器官病態內科部消化科說，有一名轉到該院重癥兒童患者，先用英夫利昔單抗治療，體內類固醇逐漸降至5毫克以下，腸炎會再發作 ，都無法正常上學。因為母親有同樣的疾病接受過外科手術，因此家屬拒絕外科手術，強烈要求糞菌移植。

之后，該科室考察了10例小患者的文獻(Kunde S,et al. J PediatrGastroenterolNutr. 2013;56:597-601.)，制定了治療原則，然后經醫院的倫理委員會批準，經檢查其父親可作為糞便提供者，對該兒童進行了經肛門腸注射的糞菌移植治療。

日本國立成育醫療研究中心的糞菌移植方法

治療方法，用250ml生理鹽水攪拌100g供體的糞便30秒，然后用兩層滅菌紗布將糞便溶液濾清，用兩支50ml的注射器分別注射給患者。經肛門注射1支后進行體位變換，詢問患者耐受程度后，如沒有問題再進行另一支的注射。

連續糞菌移植5天，之后沒2~3周治療一次，持續半年，共計糞菌移植16次。該醫院認為，糞菌移植治療需要反復持續。

選擇這種治療過程是參考了另一項荷蘭醫療團隊進行的臨床試驗(Gastroenterology. 2015;149:110-8.)。這項試驗選擇了50名潰瘍性腸炎患者，經十二指腸注射糞菌溶液和生理鹽水間隔3周共治療2次，結果顯示移植組和安慰劑組的治療效果沒有差異。因此國立成育醫療中心認為移植方式和移植頻率與療效有關。

從以上重癥兒童案例的治療經驗分析，因類固醇減量后的腸炎復發，在糞菌移植腸炎緩解，并在半年后差將類固醇將至1.5mg。目前該患者處于完全擺脫潰瘍性腸炎的狀態。內窺鏡檢查診斷潰瘍性腸炎并沒有完全治愈，但是癥狀得到緩解，該患者正在同時使用美沙拉嗪、英夫利昔單抗和硫唑嘌呤3種藥物，以維持現狀。

該醫院分析了患者的腸內菌群，移植前患者腸內菌群嚴重失衡，移植開始后第3周菌群開始變化，除了腸內菌的多樣化，患者腸內菌群向供體腸內菌群發展。該院認為，兒童發病早，用類固醇藥物長期治療會影像成長發育，而免疫抑制劑增加惡性腫瘤風險，雖然這個案例沒能完全治愈，但是減少了用藥劑量增加了停藥時間，對兒童患者來說算是福音了。