靶向治療較化療有許多優點， 但在肺癌術后輔助治療的患者中是否可以使用靶向治療藥物， 曾引起過激烈的討論。

早期認為， 靶向治療的前提是要有 “靶子”，這個 “靶子” 其實有兩層含義。 第一是腫瘤細胞必須有相應的基因突變作為藥物攻擊的 “靶子”，第二是體內必須有可以看到的腫瘤細胞作為 “靶子”。肺癌術后的患者即使基因檢測提示有相應突變，有第一個“靶子”，但是缺乏第二個 “靶子”，故而不建議在肺癌手術后的患者中使用靶向治療藥物。

支持這一觀點的證據是， 在肺癌術后患者中進行的大規模嚴格的臨床研究結果也發現， 在輔助治療中靶向治療藥物并無優勢。

但是， 學術界對此問題的探索一直在持續。 2017年公布結果的一項臨床研究發現， 在有 EGFR突變的手術切除后的肺癌患者中， 使用一代EGFR-TKI口服能夠為患者帶來獲益。 這一結果是首個EGFR-TKl可以作為輔助治療的證據。

此外， 除了一代EGFR-TKI在輔助治療中已經有臨床研究公布結果之外， 二代EGFR-TKI和三代EGFR-TKI輔助治療是否有效、 AKL-TKI輔助治療是否有效等這些問題的答案現在還無人知曉， 有待進一步的臨床研究來解答。